1.季节性原因，秋季鸭腹泻的内因是家禽胃肠道酶活性差，营养需求相对较高，肠道负担重，导致胃肠调节功能差，免疫功能相对不成熟;外因主要是由于气温逐渐升高，雨水较多，所以鸭子饮用污水的几率较大，导致病原微生物大量繁殖，使鸭子在秋季更容易患肠道疾病。
2.轮状病毒的入侵。
3.卫生条件差也是一个重要原因。
4.饲料霉变。
5.饲料主要成分的变化(如更换新玉米，玉米价格远高于小麦，所以用小麦代替玉米是普遍现象)导致鸭的胃肠消化率低。
6.这种疾病通常与小肠球虫病并发或继发于小肠球虫病，并且容易被后者所掩盖。
7.滥用消炎药促进胃肠道菌群失调，造成厌氧菌局部优势等疾病。
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